フレックスタイム制の残業代の正しいルールと計算方法を弁護士が解説

あなたは、

「フレックスタイム制の残業はどこから？」
「フレックスタイム制の残業はどう計算するか知りたい」
「フレックスタイム制の残業にも上限はある？」

などとお考えではないですか？

結論からいうと、フレックスタイム制を導入した場合でも、実労働時間が、労使協定で定めた一定期間(清算期間)中の総所定労働時間を超えた場合は、残業になります。

そもそもフレックスタイム制とは、「始業や就業の時間を自分で自由に決めることができる働き方」のことで、プライベートと仕事とのバランスをとりながら、自由な時間に働けるというメリットがあります。

しかし会社が、

「フレックスタイム制だから残業代は出ない」

とフレックスタイム制を悪用して、残業代を払わない場合は違法です。

そこで、この記事では、1章ではフレックスタイム制と残業の基礎知識について、2章ではフレックスタイム制の残業代の計算方法について解説します。

また3章では、フレックスタイム制で残業が違法になるケースを、4章ではフレックスタイム制で未払い残業代を請求する方法を解説します。

フレックスタイム制の残業をしっかり理解して、自由な働き方で適正な賃金・残業代が得られるように行動しましょう。

1章：フレックスタイム制と残業の基礎知識

会社がフレックスタイム制を導入すると、対象となる社員が自ら⽇々の労働時間を決定することになるため、残業に関するルールも通常とは異なります。

そこでこの章では、フレックスタイム制とはなにか、フレックスタイム制の残業のルールについて解説します。

1-1：フレックスタイム制とは

フレックスタイム制について厚生労働省では、次のように解説しています。

「フレックスタイム制は、一定の期間についてあらかじめ定めた総所定労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻、労働時間を⾃ら決めることのできる制度です。」

そのため、社員の価値観やライフスタイルが多様化する中で、柔軟な労働の仕方を実現するというニーズにこたえられる制度になっています。　

また会社にとっては、フレックスタイム制の導⼊によって、労働時間を効率的に配分し労働⽣産性が高まるだけでなく、社員が仕事と⽣活の調和を図りやすい職場になるため、離職率が下がるというメリットがあります。

フレックスタイム制を導入するためには、労働組合（労働組合がない場合は、労働者の過半数を代表する者）との間の労使協定（厳密には、労使協定のほかに労使委員会の決議等も含まれますが、ここでは割愛します。）で、次の図の6つの事項を定める必要があります。

1，対象となる労働者の範囲
下記の例のように、労働者が、自分が対象労働者にあたるか判断できる必要があります。

「全従業員を対象とする」
「〇〇部に所属する正社員を対象とする」

2，清算期間（フレックス制の単位となる期間）と起算日を定める
「清算期間は1か月間とし、毎月１日を起算日とする」

この場合、１か月間の清算期間と、毎月１日という起算日が示されています。

清算期間は、3か月以内としなければなりません。

また、清算期間が１か月を超える場合は、所轄の労働基準監督署⻑に労使協定の届出が必要です。

3，清算期間において働くべき総所定労働時間（所定労働時間）を定める
総所定労働時間は、清算期間を平均し１週間あたりの労働時間が40時間ないし44時間の範囲内になります。

⽉単位の清算期間とした場合の法定労働時間の総枠は、次の図のようになります。

そのため、⽉単位の清算期間とした場合は、法定労働時間の総枠の範囲内に納めなければなりません。

4，標準となる１日の労働時間の長さを定める
例「標準となる1日の労働時間は、7時間とする」

5，フレキシブルタイムの制限(任意)
必要な場合は、フレキシブルタイムの開始時刻と終了時刻を定める

6，コアタイム(任意)
必要な場合は、コアタイムの時間帯を定める

1-2：フレックスタイム制の残業のルール

フレックスタイム制でも残業が発生した場合は、残業代が出ます。

フレックスタイム制の労働時間の基準は、清算期間における総法定労働時間になるため、その時間より実際に働いた時間の方が長い場合は残業となります。

また、清算期間内で総所定労働時間を超えなければ、1日8時間・週40時間を超えて自由に働くことができます。

清算期間は、1週間としている会社もあれば、1か月としている会社もありますが、この期間の総所定労働時間を超えると、フレックスタイム制でも残業代が発生します。

ここでは、清算期間が１か月以内である場合の計算方法について説明します。

例えば、令和5年1月1日から月末までの清算期間において、総所定労働時間160時間と決められている場合に、1か月で200時間働いた場合、

200時間－160時間＝40時間

が残業時間となります。

ここで、フレックスタイム制の留意事項として、残業時間だけでなく、自分の働いた時間が、決められた総所定労働時間に不足している場合も注意が必要です。

万が一、実際に働いた時間が総所定労働時間より短くなった場合は、以下いずれかの方法によって対処されます。

1. 総所定労働時間より不足した分の給料をカット
2. 1を行わない代わりに、次の週や月の所定労働時間に不足分を追加

また、清算期間が3か月で実労働時間と総所定労働時間で過不足がある場合は、3か月の清算期間内であれば労働時間を調整できます。

1-3：フレックスタイム制での勤怠管理の注意点

フレックスタイム制は特殊な労働形態であるため、気をつけなければならないポイントもあります。

おもな注意点は3つです。

1，特例措置対象事業場の週の法定労働時間は44時間
特例措置対象事業場の意味は、以下の図の画像のとおりです。

出典：法定労働時間｜厚生労働省徳島労働局

本来の法定労働時間は週40時間ですが、特例措置対象事業所に関しては週44時間となっています。

そのため、残業代算出の際などは要注意です。

2，実労働時間の超過分を次の清算期間の労働時間と相殺するのは違法
清算期間内の実労働時間が総労働時間を超過した分は、必ず残業代として該当する清算期間内の給料に上乗せして支給する必要があります。

よって、残業代を支払わない代わりに時期の清算期間内の総労働時間を短縮する、という方法での対処は認められません。

一方で、実労働時間が総労働時間に満たなかった場合については、不足分を次の清算期間内に繰り越すことが可能です。

また、不足分を次の清算期間内に繰り越さない代わりに、該当清算期間内の不足分に当たる給与をカットするという対応も認められています。

3，36協定によって時間外労働の上限が設けられている
「36協定」とは、従業員に時間外労働をさせる際に締結が義務付けられている協定です。

36協定を結ばずに時間外労働をさせた企業は、罰則の対象となります。

また36協定では、時間外労働時間の上限も設定されています。

具体的な上限規制の内容は、以下のとおりです。

• 月45時間（特別な事情がある場合は月100時間未満かつ複数月平均80時間以内）
• 年360時間（特別な事情がある場合は720時間）

上記の規制に反した場合も、企業には罰則が科せられます。

なお、フレックスタイム制の残業時間とは、所定労働時間ではなく法定労働時間を超過した分を指します。

1-4：フレックスタイム制での有給休暇の取り扱い

フレックスタイム制の場合、有給休暇を取得した際の処理方法も変わります。

具体的には、「標準となる1日の労働時間×有給休暇取得日数」を、清算期間内の実労働時間に加えます。

例えば、標準となる1日の労働時間が7時間、有給休暇取得日数が2日の場合、合計14時間が実労働時間に加算されます。

加算されるのは「標準となる1日の労働時間」であり、「法定労働時間ではない」点には要注意です。

また、半日単位で有給休暇を取得した場合、標準となる1日の労働時間の半分が加算されます。

なお、端数は分単位で切り捨てられます。

ちなみに半日単位の有給休暇は、労働者と会社側の同意さえあれば、日単位取得へ影響が出ない範囲に限り取得可能です。

有給休暇を取得した際の残業代ついては、加算された分の実労働時間を除外して計算されます。

例として、清算期間内の法定労働時間が160時間、実労働時間が180時間かつ有給取得分が14時間の場合、残業とみなされるのは6時間分です。

2章：フレックスタイム制の残業代の計算方法

この章では、フレックスタイム制の残業時間と、その残業代の計算方法を順に解説していきます。　

2-1：フレックスタイム制の残業時間

フレックスタイム制では、清算期間の総所定労働時間を超える時間が残業時間になりますが、この残業時間には2つの種類があることを理解することが大事です。

1つは法定労働時間の総枠を超えた残業時間(法定外残業)で、2つ目は法定労働時間の総枠内で総所定労働時間を超えた残業時間(法定内残業)になります。

法定内残業においては割増率の適用はありませんが、法定外残業の場合は、割増率の適用があります。

割増率は次のようになります。

• 法定労働時間外の残業：1.25倍
• 月60時間超の法定労働時間外の残業：1.5倍
• 法定労働時間外の深夜残業：1.5倍
• 休日労働(法定休日)：1.35倍
• 法定休日の深夜残業：1.6倍

なお、法定外残業を⾏わせるためには、36協定の締結が必要となります。

清算期間における法定労働時間の総枠は、次の計算式で算出します。

法定労働時間の総枠＝1週間の法定労働時間（40時間）×清算期間の暦数/7日

また、清算期間が１か⽉を超える場合には、次の条件を満たす必要があります。

• 清算期間における総所定労働時間が法定労働時間の総枠を超えないこと（清算期間全体の労働時間が、週平均40時間または44時間を超えないこと）
• １か月ごとの労働時間が、週平均50時間を超えないこと

このいずれかの条件を超えた時間は、法定外労働時間となります。

2-2：フレックスタイム制の残業代の計算方法

フレックスタイム制の残業代の計算式は、次のようになります。

残業代＝法定内残業時間×基礎時給＋法定外残業時間×基礎時給×1.25

月給の場合、基礎時給は、

「あなたの月給（基本給）÷1か月平均所定労働時間」

となります。

1か月平均所定労働時間は、わかりやすく170時間としています。

例えば、令和5年1月1日から月末までの清算期間、契約時間160時間、基礎時給1000円のAさんが、その月において200時間働いた場合

1日の法定労働時間が40時間の場合、1月は31日あるので、法定労働時間の総枠は177.1時間となります。

よって、

法定内残業＝177.1時間－160時間＝17.1時間
法定外残業＝200時間－177.1時間＝22.9時間

法定内残業の残業代は、
1000円×17.1時間＝1万7100円

法定外残業の残業代は、
1000円×1.25×22.9時間＝2万8625円

合計
1万7100円＋2万8625円＝4万5725円

Aさんの残業代は、4万5725円となります。

3章：フレックスタイム制で残業が違法になるケース

フレックスタイム制で残業が違法になるケースとして、次の2つがあげられます。

• 時間外労働の上限を超える残業
• 適正な残業代が支払われていない

それぞれ解説していきます。

3-1：時間外労働の上限を超える残業

働き方改革関連法によって、時間外労働の上限が法律で定められています。

原則として、時間外労働の上限（限度時間）は、

⽉45時間以上、年360時間以内となっています。

限度時間を超えることができる特別条項付きの場合は、

• 時間外労働が月45時間を超えるのは年6回以内
• 年間の時間外労働の上限：年720時間以内

時間外労働と休⽇労働の合計は、単⽉100時間未満、２〜６か⽉平均80時間以内となっています。

以上の条件は、フレックスタイム制を導入した場合でも適用されるため、上限を超えた残業は違法になります。

ここまで解説してきたように、フレックスタイム制の残業時間の計算や上限規制は複雑なため、清算期間が1か月であれば問題ない場合でも、清算期間を3か月の場合は違法となるケースも出てきます。

例えば、次のようなケースがあげられます。

同じ実労働時間であっても、清算期間が3か月のフレックスタイム制を導入した場合、最終月の「時間外労働と休日労働の合計」が100時間を超えるため違法となります。

3-2：適正な残業代が支払われていない

1章で解説したように、実際に働いた時間が総所定労働時間より短くなった場合は、不足した時間分を、次の週や月に繰り越すことは違法ではありません。

しかし、総所定労働時間を超えて働いた分については、次の清算期間に繰り越すことはできないため、残業代が支払われない場合は違法です。

このように、清算期間が２か月、３か月単位の場合は、個々の労働時間の調整が可能な反面、正しい残業時間の算出が複雑になるため、適正な残業代が支払われていない可能性があります。

4章：フレックスタイム制で未払い残業代を請求する方法

フレックスタイム制で未払い残業代を請求する方法としては、次の2つがあげられます。

• 自分で残業代を請求する
• 弁護士に依頼して請求する

それぞれ解説していきます。

4-1：自分で残業代を請求する2つの方法

自分で残業代を請求する方法としては、次の2つがあげられます。

• 残業代を請求する内容証明を送る
• 労働基準監督署に相談する

それぞれの方法について、詳しく解説します。

4-1-1：残業代を請求する内容証明を送る

自分で会社に残業代を請求するためには、会社に「配達証明付き内容証明郵便」で、請求書を送る必要があります。

ただし、会社に残業代を請求する内容証明を送っても、会社側にうまく丸め込まれてしまう恐れがあります。

その場合は、労働基準監督署に申告するという方法があります。

4-1-2：労働基準監督署に申告する

「労働基準監督署」とは、厚生労働省の出先機関で、労働基準法に基づいて会社を監督するところです。

給料の未払いは労働基準法違反のため、労働基準監督署に相談することで解決にいたる可能性があります。

このような流れで労働基準監督署に申告することができますが、この方法は「残業代を請求したい場合」は、あまりおすすめできません。

なぜなら、労働基準監督署は、労働基準法に違反している会社の行為を「正す」機関であり、残業代を取り返してくれる機関ではないからです。

また、労働基準監督署は、労働者からのすべての申告で動くわけではありません。

それは、全国には400万を超える法人があるにもかかわらず、日本の労働基準監督署の人員は、非常勤の職員を含めても約2400人しかおらず、明らかに人員不足だからです。

そのため、過労死や労働災害などの「人命に関わる問題」が優先して処理されるため、「残業代の未払い」では、直ちに動いてもらえない可能性もあります。

そこで、残業代を取り返す場合には、最初から弁護士に依頼することをおすすめします。

4-2：弁護士に依頼して残業代を請求する

ここまで解説してきたように、フレックスタイム制の残業代の計算や会社との交渉は、専門的な知識が必要なため、弁護士に依頼することをおすすめします。

自分で請求する場合と、弁護士に依頼する場合のメリット・デメリットは次のようになります。

このように、自分で請求する方法では、手間・時間・精神的負担が大きいだけでなく、弁護士に頼む方法に比べて回収できる金額が少なくなる可能性が高いです。

そのため、残業代請求はプロの弁護士に依頼することをおすすめします。

弁護士に相談するというと

「裁判みたいな大事になるのはちょっと・・・」
「初期費用だけで何十万円もかかるのでは？」

と考えてしまう人もいるかもしれません。

しかし、弁護士に頼む＝裁判ではありません。

残業代の請求でいきなり裁判になることは少なく、多くの場合「交渉」や「労働審判」という形で会社に請求していきます。

また、残業代請求に強い「完全成功報酬制」の弁護士に依頼すれば、「相談料」や「着手金」ゼロで依頼することができます。

弁護士に依頼した場合の流れは、次のようになります。

弁護士に依頼すると、あなたの「会社と戦う」という精神的負担を、弁護士が肩代わりしてくれるだけでなく、時間・手間を節約することもできるのです。

ただし、弁護士に依頼する場合は、「弁護士なら誰でもいいだろう」とは考えないでください。

実は、法律の知識は広い範囲に及ぶため、自分の専門分野以外の事案については、あまり知識がない弁護士が多いです。

そのため、残業代請求に強い弁護士に依頼することをおすすめします。

残業代請求に強い弁護士の選び方や、相談の流れ・かかる費用などについて、詳しくは以下の記事に書いていますので、ご覧ください。

【残業代請求】弁護士選びの8つのポイントと解決までの流れや費用を解説

残業代の請求方法について、理解することができたでしょうか？

次に、残業代請求時に注意すべき2つのポイントについて解説します。

4-3：残業代請求における2つのポイント

残業代請求には、

• 3年の時効が成立する前に手続きを行う
• 必要な証拠を集めておく

という2つのポイントがあります。

それぞれ順番に解説します。

4-3-1：残業代請求には3年の時効がある

未払いの残業代は、いつまでも請求できるわけではありません。

「3年」の時効が成立すると、二度と請求できなくなります。

時効の基準となるのは、「毎月の給料日」です。

【給料の支払日が「15日締め・翌月末払い」の場合】
例えば、給料の支払日が「15日締め・翌月末払い」の場合、2020年2月16日から3月15日までの給料は、2020年4月30日に支払われます。

そのため、2020年3月15日締めの給料は、2023年の4月30日経過時に時効を迎えます。

そこで、2020年3月15日締めの給料の時効を止めるためには、2023年の4月末までに「時効を止める」手続きを行う必要があります。

毎月の給料日がくるたびに時効が成立し、1ヶ月分の残業代が消滅してしまいます。

少しでも多くの残業代を取り返すために、できるだけ早く行動を開始しましょう。

4-3-2：残業代請求に必要な証拠一覧

未払いの残業代を請求するときに、まずやるべきなのが「証拠集め」です。

証拠集めは、まずは自分で行うことをおすすめします。

証拠集めも弁護士に依頼することは可能ですが、弁護士が証拠を要求しても提出しない悪質な会社もあるため、会社に在籍しているうちに、自分で証拠を集めておくことがより確実なのです。

残業代請求の証拠として有効なのは、以下のようなものです。

• タイムカード
• 会社のパソコンの利用履歴
• 業務日報
• 運転日報
• メール・FAXの送信記録
• シフト表

• 手書きの勤務時間・業務内容の記録（最もおすすめ）
• 残業時間の計測アプリ
• 家族に帰宅を知らせるメール（証拠能力は低い）

会社が勤怠管理をしていないため、自分で勤務時間を記録する場合は、毎日手書きで、1分単位で時間を書きましょう。

具体的な業務についても書くのがベストです。

家族に帰宅を知らせるメールは、裁判になると証拠としては弱いので、できるだけ手書きでメモを取りましょう。

証拠は、できれば3年分あることが望ましいですが、なければ一部でもかまいません。

できるだけ毎日の記録を集めておきましょう。

ただし、手書きの場合絶対に「ウソ」の内容のことを書いてはいけません。

証拠の中にウソの内容があると、その証拠の信用性が疑われ、証拠として利用できなくなり、残業していた事実を証明できなくなる可能性があります。

そのため、証拠は「19時30分」ではなく、「19時27分」のように、1分単位で記録するようにし、曖昧さが指摘されないようにしておきましょう。

まとめ：フレックスタイム制と残業

今回はフレックスタイム制の残業について解説しました。

最後にもう一度、今回の内容を振り返ります。

「フレックスタイム制は、一定の期間についてあらかじめ定めた総所定労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻、労働時間を⾃ら決めることのできる制度です。」

フレックスタイム制では、3か月以内の「一定の期間（清算期間）」と、その期間内の「総所定労働時間」があらかじめ決められており、その時間は自由に働くことができます。

【フレックスタイム制の残業代の計算式】
残業代＝法定内残業時間×基礎時給＋法定外残業時間×基礎時給×1.25

• 時間外労働の上限を超える残業
• 適正な残業代が支払われていない

フレックスタイム制の正しい意味や残業代の計算方法を理解して、もしあなたの残業代がごまかされている場合は、もらうべき残業代をきちんと請求しましょう。